Akademi Militer Empire Barsburg dikenal karena melatih para elit yang membawa kemenangan ke kekaisaran. Siswa akademi secara bebas memanfaatkan kemampuan yang disebut ‘Zaiphon’ untuk bertarung, sedangkan jenis-jenis Zaiphon yang dapat digunakan tergantung pada sifat prajurit. Teito Klein, seorang siswa di akademi, adalah salah satu tentara paling menjanjikan yang diproduksi. Meskipun diejek oleh semua orang karena menjadi sklave (bahasa Jerman untuk budak) tanpa kenangan masa lalunya, ia berteman dengan seorang mahasiswa bernama Mikage. Sambil mempersiapkan ujian akhir, Teito mengungkap rahasia kelam yang terkait dengan masa lalunya. Ketika upaya untuk membunuh Ayanami, seorang pejabat tinggi yang membunuh ayahnya, gagal, Teito dikunci menunggu hukuman. Hanya menginginkan yang terbaik untuk Teito, Mikage membantunya melarikan diri. Teito berakhir di Gereja Distrik 7 di mana ia diterima oleh para uskup. Di sinilah Teito berusaha untuk menghindari genggaman Ayanami dan Militer, sehingga ia dapat menemukan kembali ingatannya dan belajar mengapa ia adalah orang yang dapat mengubah nasib dunia.