Pada tahun 2039, efek drastis dari pemanasan global telah menyebabkan naiknya permukaan laut, yang mengakibatkan hilangnya banyak daratan. Untuk memastikan manusia mempelajari pelajarannya, sebuah armada kapal perang yang kuat yang dilengkapi dengan persenjataan canggih muncul, menyebabkan kekalahan yang luar biasa bagi pasukan angkatan laut di seluruh dunia. Menyebut diri mereka Armada Kabut, setiap kapal memiliki ‘Mental Model,’ avatar humanoid yang mewakili hati kapal, ‘Union Core.’ Setiap model memiliki kepribadian yang berbeda tetapi semua mengikuti otoritas yang tidak dikenal yang dikenal sebagai Kode Admiralty, yang telah menerapkan blokade untuk mencegah manusia melakukan perjalanan melintasi laut. Tujuh belas tahun setelah blokade, Gunzou Chihaya, alumnus Akademi Laut Nasional, menemukan I-401 dan Model Mentalnya, Iona, yang berpihak pada umat manusia karena alasan yang tidak diketahui. Memanfaatkan harapan yang baru ditemukan ini untuk mencapai perdamaian bagi umat manusia, Gunzou dan teman-temannya membentuk sekelompok privateers, yang dikenal sebagai Blue Steel, saat mereka memulai perjalanan berbahaya.