Sejak kematian pria yang diyakini sebagai kaisar Inggris yang paling jahat satu tahun lalu, dunia telah menikmati kedamaian yang belum pernah terjadi sebelumnya di bawah bimbingan Federasi Serikat Bangsa-Bangsa. Namun, ketenangan rapuh ini hancur ketika militan bersenjata berhasil menculik mantan puteri Nunnally vi Britannia dan Suzaku Kururugi, kepala penasihat Ksatria Hitam, memicu krisis internasional. Kerajaan Zilkhstan yang kuat dan tidak dapat dipercaya dituduh mengatur penangkapan mereka. Untuk menyelidiki, otoritas dunia mengirim Kallen Stadtfeld dan rekan-rekannya dalam operasi rahasia ke negara itu. Di sana, mereka bertemu dengan penyihir abadi C.C., yang sedang dalam misi untuk menyelesaikan kebangkitan orang yang bertanggung jawab atas revolusi terbesar dalam sejarah