‘Gembala,’ legenda urban dari Akademi Shiomi, dikatakan muncul di hadapan para siswa pekerja keras untuk mengabulkan harapan mereka. Ketika sedang asyik membaca buku di dalam Perpustakaan Besar sekolah yang terkenal, Kyoutarou Kakei, seorang siswa tahun kedua dan presiden Klub Perpustakaan secara de facto, menerima email dari Shepherd yang meramalkan sebuah peristiwa yang akan mengubah nasibnya. Khawatir dengan pesan itu, Kyoutarou bergegas ke stasiun kereta terdekat dan bertemu sesama siswa Tsugumi Shirasaki, yang ia selamatkan dari tabrakan dengan kereta api yang turun. Bersyukur atas tindakan kepahlawanannya, Tsugumi bergabung dengan Klub Perpustakaan dan mengundang Kyoutarou untuk berpartisipasi dalam ‘Proyek Bahagia Shiomi’nya yang misterius. Bersama dengan anggota baru klub lainnya, mereka berusaha menjadikan akademi tempat yang lebih baik dan mengungkap identitas Gembala yang penuh teka-teki.