The Future Foundation berantakan setelah Game Final Killing dan penyingkapan pelakunya yang sebenarnya. Ketika sebuah plot putus asa muncul dari salah satu korban untuk menyingkirkan dunia keputusasaan sekali dan untuk semua, anggota Future Foundation yang tersisa harus bersatu untuk menghentikan kekejaman ini terjadi. Untungnya, mereka menemukan diri mereka dengan bantuan dari sekelompok sekutu yang tidak mungkin ketika mereka berpacu dengan waktu untuk menghentikan dunia mereka agar tidak berubah. Pada akhir musim ini hingga alur cerita Hope’s Peak dari seri Danganronpa, para pemain dalam permainan kematian tanpa akhir ini mulai memahami arti sebenarnya di balik keputusasaan, harapan, dan penebusan.