Beberapa tahun setelah petualangan Anak-Anak Terpilih di Dunia Digital, sekelompok anak-anak Terpilih dipanggil untuk menyelamatkan Dunia Digital. Seorang penguasa jahat yang dikenal sebagai Digimon Kaiser, atau Kaisar Digimon, memaksa Digimon Dunia Digital ke dalam perbudakan. Kelompok baru Anak-Anak Terpilih, dengan bantuan Digimon mereka, kemudian memulai perjalanan untuk menghentikan Kaisar Digimon yang jahat.