Masaru, siswa tahun kedua SMP dan pejuang jalanan yang tak terkalahkan, akan mempelajari arti kata ‘kerja tim’. Setelah Agumon lolos dari DATS, sebuah organisasi yang berurusan dengan Digimon, ia berakhir dalam pertarungan dengan Masaru. Segera Yoshino dan Lalamon datang untuk menangkap Agumon, dan dua pejuang melarikan diri. Setelah Digimon jahat muncul, terserah pada Masaru dan Agumon untuk mengalahkannya dengan muatan DNA mereka. Segera, Masaru harus bergabung dengan DATS untuk mengakhiri Digimon yang datang ke Bumi. Dengan bantuan Yoshino, Ikuto, dan Touma, grup tersebut harus menghentikan Digimon jahat apa pun yang muncul, dan mengembalikan mereka ke Dunia Digital. Namun tidak semuanya berjalan sesuai rencana …