Kisah ini bertempat di pulau Iwado yang terpencil di Okinawa, yang telah menyaksikan gerakan yang berkembang mengadvokasi kembali ke pemerintahan otonom. Ao Fukai, seorang bocah lelaki berusia 12 tahun dengan ayah yang hilang, tinggal di pulau itu dengan seorang dokter tua bernama Toshio dan akan memasuki sekolah menengah. Ibu Ao dibawa pergi satu dekade yang lalu oleh orang yang tidak dikenal. Naru Arata, teman masa kecil 12 tahun Ao dan tokoh utama cerita, tinggal bersama ayahnya, kakak perempuan, dan neneknya. Dia memiliki kekuatan ‘Yuta’ yang terbangun di dalam dirinya karena sebuah insiden ketika dia masih muda. Entitas misterius yang disebut ‘Rahasia’ tiba-tiba muncul dan meluncurkan serangan pada Scub Coral lifeform di pulau itu. Ao meluncurkan FP militer tertentu yang disebut ‘Nirvash’ di atas transportasi militer Jepang dalam keinginannya yang kuat untuk melindungi pulau itu.