Musim panas yang indah berlalu untuk Illyasviel von Einzbern. Beristirahat sejenak dari tugas-tugas gadis penyihirnya, dia menikmati waktu luangnya setelah mengumpulkan Kartu Kelas dengan sahabatnya Miyu Edelfelt. Namun, istirahatnya berakhir tiba-tiba ketika dia dan Miyu diculik oleh Rin Toosaka dan Luviagelita Edelfelt, saat keluar bersama teman-temannya. Para gadis penyihir mengetahui bahwa pekerjaan mereka masih jauh dari selesai, karena Menara Jam memberi tahu mereka bahwa mana yang di luar kendali yang diduga telah disegel terus tersebar di seluruh Kota Fuyuki. Setelah menuju ke titik asal dari mana yang di luar kendali, Illya dan Miyu ditugaskan untuk memecahkan anomali. Tapi setelah membaca mantra mereka, Illyasviel menemukan bahwa dia terbagi menjadi dua orang! Ketika bentuk baru yang misterius ini melesat, ia hanya bisa bertanya-tanya: apa yang akan datang dari keberadaan dopplegnya