Perang Cawan Suci Kelima berlanjut, dan kekacauan yang terjadi selanjutnya menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita untuk menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan foya pembunuhan, bertekad untuk mengalahkannya. Sementara itu, Shinji Matou membuat rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui adiknya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertarung melawan Shinji, berharap untuk membebaskan Sakura dari penyalahgunaan kakaknya. Tapi kebenaran jelek dari saudara-saudara Matou mulai muncul, dan banyak rahasia gelap terbuka. Nasib / malam menginap Film: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly terus fokus pada Masters dan Pegawai yang tersisa saat mereka bertarung satu sama lain dengan harapan mendapatkan Holy Grail. Namun, saat kegelapan muncul di Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka bisa dalam bahaya.