Cerita Fortune Arterial berkisah tentang protagonis pria Kohei Hasekura, yang pindah ke sekolah umum bergengsi dengan gaya sekolah enam tahun berbahasa Inggris yang mencakup siswa sekolah menengah pertama dan atas. Sekolah itu berada di sebuah pulau bernama Pulau Tamatsu di lepas pantai dari daratan Jepang, dan satu-satunya cara untuk sampai ke sana adalah dengan perahu. Segera setelah pindah, ia menemukan bahwa salah satu siswa di kelas di sebelahnya, Sendo Erika, sebenarnya adalah tipe vampir.