Setelah mengatasi berbagai peristiwa yang penuh gejolak, sersan tentara bayaran Sousuke Sagara dari Mithril dan gadis sekolah ‘Bisikan’ Kaname Chidori kembali ke kehidupan sekolah menengah yang normal. Sousuke melanjutkan upayanya untuk berasimilasi dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname berusaha untuk mendukung usahanya (meskipun kejenakaannya sering mendorongnya ke tembok). Namun, saat kehidupan mereka tenang, masalah baru mulai muncul. Munculnya organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam untuk memecah persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model-model Arm Slave yang baru dan kuat hanya memperburuk situasi ketika perdamaian dunia dipertaruhkan. Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertempuran batin mereka sendiri di tengah-tengah pertarungan yang mengancam jiwa, akankah mereka dapat membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?