Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan geng bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa para perompak Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi ke-7 Kamui dan mantan sekutu mereka Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki pekerjaan: mencari Takasugi, yang hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat wahyu yang menakjubkan tentang Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang menarik banyak faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok bayangan dengan kemiripan luar biasa dengan mantan guru Gintoki. Menumpang di kapal ruang angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura mengatur keluar untuk Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi telah berkumpul dan ketegangan mulai muncul. Dendam lama, pertikaian politik, dan rencana menyeluruh jahat Tendoushuu akhirnya memuncak menjadi pertempuran besar yang menentukan Rakuyou.