Sebuah pintu terbuka, dan segel emas menghancurkan bintang. Ini adalah awal abad ke-21. Manusia telah kalah dalam pertempuran untuk planet Bumi dari Godzilla, dan telah dibawa ke bintang-bintang untuk mencari rumah baru. Tetapi pencarian berakhir dengan sia-sia, memaksa mereka dan sekutu alien mereka kembali ke Bumi. Tetapi 20.000 tahun telah berlalu tanpa kehadiran mereka, dan Bumi adalah tempat yang sepenuhnya berbeda. Flora dan fauna planet ini sekarang mewujudkan dan melayani Godzilla. Bumi adalah planet monster, diperintah oleh Godzilla terbesar yang pernah ada di ketinggian 300 meter. Godzilla Earth. Protagonis manusia, Kapten Haruo, merindukan untuk mengalahkan Godzilla dan merebut kembali planet ini untuk umat manusia. Di sana, ia bertemu dengan keturunan asli umat manusia, suku Houtua. Saudara kembar Houtua, Maina dan Miana, membawanya ke sisa-sisa kerangka Mecha-Godzilla, senjata anti-Godzilla tua, yang mengejutkan semua orang masih hidup dalam bentuk nanometal yang menghasilkan sendiri. Diambil dari bangkai Mecha-Godzilla, nanometals secara bertahap membangun kembali ‘Kota Mecha-Godzilla,’ senjata potensial yang mampu menghancurkan Bumi Godzilla. Seiring dengan perkembangan strategi, keretakan terbentuk antara manusia dan Bilusaludo, salah satu dari beberapa alien. ras yang telah bergabung dengan manusia dalam eksodus mereka dari Bumi. Pemimpin mereka, Galu-gu, percaya bahwa rahasia untuk mengalahkan Godzilla terletak pada penggunaan kekuatan manusia super – yaitu, integrasi nanometal – tetapi Haruo menolak, takut dalam mengalahkan monster, mereka tidak boleh menjadi monster sendiri. Haruo akhirnya menggunakan kemampuannya untuk mengalahkan Godzilla Earth untuk menghancurkan kota Mecha-Godzilla untuk mencegah asimilasi nanometal, membunuh Galu-gu. Namun, teman masa kecilnya, Yuuko, telah diserap oleh integrasi nanometal dan telah jatuh ke dalam koma yang mati otak. Ras manusia, sekali lagi, hilang. Metphies, komandan ras alien imamat, Exif, kagum pada kelangsungan hidup ajaib Haruo, ia mulai menarik pengikut. Exif diam-diam memendam hasil ini sebagai ‘tujuan akhir’ mereka. Miana dan Maina mengeluarkan peringatan terhadap Metphies, sementara Haruo mulai mempertanyakan langkah selanjutnya umat manusia. Dengan tidak ada cara untuk mengalahkan Godzilla Earth, umat manusia menyaksikan Raja Ghidorah, yang mengenakan cahaya emas, turun di planet ini. Bumi bergetar sekali lagi ketika perang bergerak ke dimensi yang lebih tinggi. Apa sebenarnya Godzilla? Apakah manusia punya peluang? Apakah ada visi masa depan di mata Haruo? Cari tahu di final.