Di tahun Regild Century 1014, satu milenium telah berlalu sejak akhir abad Universal yang legendaris, di mana legenda seperti Amuro Ray dan Char Aznable menguasai medan perang sebagai pilot mobile suit. Permukaan bumi yang dulunya panas diperebutkan sekarang sebagian besar ditinggalkan, dengan umat manusia lebih memilih untuk hidup di koloni luar angkasa dan permukaan bulan. Mahasiswa Akademi Penjaga Bellri Zenam hidup dalam kehidupan akademik yang damai, tetapi hari-harinya yang normal diakhiri dengan penangkapan pilot bajak laut Aida Surugan dan mobile suit-nya G-Self. Bellri merasakan hubungan mental yang kuat dengan G-Self dan menemukan bahwa ia mampu mengujinya. Dia segera menemukan dirinya dalam perselisihan dengan ‘Penjaga Ibukota,’ sebuah faksi radikal yang mengikuti agenda rahasianya sendiri terlepas dari keinginan Tentara Amerian, yang masih memegang kekuasaan di Bumi. Bergabung dengan awak pesawat ruang angkasa Amerika Megafauna, Bellri dan Aida harus mengemudikan Self-G untuk meraih kemenangan melawan Capital Guard dan para pemimpinnya, Kolonel Kunpa Rushita yang karismatik dan Kapten Topeng yang penuh teka-teki.