Dengan lansekapnya yang indah dan orang-orang yang makmur, Great Japan adalah iri semua negara lain. Namun ancaman serius melayang di atas negeri. Wali misterius yang dikenal sebagai Master Samurai adalah satu-satunya pertahanan Jepang yang hebat. Atas perintah dewan siswa, samurai muda Muneakira Yagyuu tiba di Buou Academic School. Dijalankan oleh Keshogunan Tokugawa, di sini anak-anak prajurit diberikan pendidikan aristokrat yang diperlukan untuk menjalankan negara. Sekolah tersebut dipimpin oleh ketua dewan siswa Yoshihiko Tokugawa dan saudara perempuannya Sen, yang juga merupakan teman masa kecil Muneakira. Setelah tiba di akademi, Muneakira mendapati dirinya berada di tengah-tengah perkelahian yang mengerikan. Selama kekacauan, langit dipenuhi dengan cahaya putih yang aneh dan seorang gadis misterius bernama Juubei Yagyuu muncul dan tiba-tiba mencium Muneakira. Dengan ciumannya, dia membangunkan kekuatan tak dikenal yang melindungi mereka. Hanya siapa gadis ini, dan dari mana dia berasal? Muneakira menemukan dirinya terjerat dalam nasib negara dan ancaman yang akan mengguncang Jepang Besar sampai ke intinya. Dia harus mempelajari rahasia di balik Master Samurai dan ciuman yang membangkitkan kekuatan Juubei untuk melindungi negaranya.