Shuuzou ” Shuu ” Matsutani menjalani kehidupannya yang biasa dalam damai. Dia punya teman, cinta, dan hasrat untuk kendo. Merasa sedih setelah kalah dari saingan kendo-nya, Shuu menaiki cerobong asap untuk menyaksikan matahari terbenam di mana ia menemukan Lala-Ru, seorang gadis berambut biru yang pendiam mengenakan liontin yang aneh. Shuu berusaha berteman dengannya, meskipun dia tidak tertarik, dengan respons lembut. Namun, harapannya hancur ketika seorang wanita, ditemani oleh dua mesin ular, muncul keluar dari udara tanpa tujuan dengan satu tujuan: menangkap Lala-Ru. Shuu, berkepala lembu seperti dia, mencoba menyelamatkan teman barunya dari penculiknya dan dipindahkan ke dunia gurun, tidak seperti apa pun yang pernah dia lihat sebelumnya. Namun, terlepas dari situasinya, Shuu hanya berpikir untuk menyelamatkan Lala-Ru, sampai dia benar-benar dipukuli oleh beberapa tentara. Ketika ia segera mengetahuinya, Lala-Ru dapat memanipulasi air dan liontinnya adalah sumber dari mana ia dapat menghasilkan cairan, komoditas langka di lingkungan barunya. Tapi sekarang, liontin itu hilang, dan Shuu adalah tersangka utama. Iya, Soko ni Iru Boku adalah kisah menghantui dunia dystopian, dan Shuu, yang harus menanggung siksaan, kelaparan, dan kengerian perang untuk selamatkan gadis kesepian yang ditemukannya duduk di atas cerobong asap.