Dengan hilangnya Mayor Motoko Kusanagi, Batou Bagian 9 ditugaskan untuk menyelidiki serangkaian pembunuhan yang mengerikan — tampaknya ada di tangan gynoids yang salah, atau robot seks. Tetapi ketika gynoid yang salah meninggalkan Batou pesan rahasia, dia mulai mempertanyakan penyebab kegagalan fungsi mereka. Kecurigaan pembunuhan bermotif politik dan ‘hantu’ ilegal dengan cepat muncul, menarik Batou dan rekannya Togusa ke dalam jaringan konspirasi yang berbahaya. Ketika penyelidikan mereka berlangsung, garis antara manusia dan mesin terus kabur, dan realitas dan persepsi menjadi tidak bisa dibedakan. . Menghadapi musuh yang aneh dan berbahaya, Batou dan Togusa menjelajahi dunia futuristik yang penuh dengan mesin dan boneka hidup tetapi sama sekali tanpa kemanusiaan.