Midgar, akademi khusus perempuan, akan terkenal hanya karena tindakan menerima siswa laki-laki pertamanya dan satu-satunya, Yuu Mononobe. Tapi Midgar lebih menonjol dari itu: itu adalah sekolah khusus untuk sekelompok gadis yang dikenal sebagai D’s. Masing-masing dari mereka memiliki kemampuan yang sangat kuat dalam menghasilkan materi gelap dan memanipulasinya menjadi persenjataan yang kuat. D tidak ada dua puluh lima tahun yang lalu, dan hanya muncul setelah sejumlah monster misterius dan destruktif yang dikenal sebagai ‘Naga’ mulai muncul di sekitar dunia. Anehnya, sama tiba-tiba ketika mereka muncul, mereka menghilang. Dalam kehancuran mereka, beberapa gadis mulai dilahirkan dengan simbol di tubuh dan kekuatan mereka yang serupa dengan yang dimiliki oleh Naga sendiri. Sekarang D’s menghadiri sekolah ini, berharap untuk memanfaatkan dan menggunakan kekuatan mereka melawan Naga. Yuu adalah anggota terbaru mereka dan luar biasa karena menjadi satu-satunya D laki-laki yang dikenal yang ada. Sekarang dia harus menjalin hubungan dengan gadis-gadis di sekitarnya, termasuk saudara perempuannya yang sudah lama berpisah yang menghadiri sekolah juga, dan bekerja dengan mereka untuk menyelidiki dan menghilangkan ancaman Naga yang kuat.