Menyusul peristiwa Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi mengalami koma selama dua tahun karena kecelakaan lalu lintas. Ketika dia akhirnya terbangun, dia tidak memiliki ingatan tentang masa lalunya dan terganggu oleh kesepian yang mendalam. Bahkan lebih aneh lagi, dia memperhatikan garis-garis gelap yang melingkupi benda-benda di sekitarnya, dan jika dia menyentuh mereka, dia dapat membongkar objek itu — sesuatu yang benar-benar menakutkannya. Temannya, Mikiya Kokutou, meminta bantuan Touko Aozaki, seorang penyihir yang dapat membantu Shiki memahami apa yang matanya — ‘Mata Persepsi Kematian Mistik’ — benar-benar mampu dan bagaimana menggunakannya dengan benar.