Shiki Ryougi, Mikiya Kokutou, dan Touko Aozaki mulai menyelidiki seorang pembom setelah mereka menyaksikan ledakan di dekatnya. Pada malam yang sama, Shiki menangkap sekilas tentang pembom itu, dan akibatnya, ia menjadi terpaku padanya. Untuk menyingkirkannya, orang gila itu memainkan permainan kucing dan tikus dalam upaya untuk membujuknya ke garasi parkir yang kosong. Dan bom bukan satu-satunya yang ia miliki di gudang senjatanya: ia juga memiliki kemampuan untuk melihat masa depan, dan ia bermaksud untuk mengakhiri Shiki. Di suatu tempat beberapa hari sebelumnya, seorang siswa di Akademi Reien Girls, Shizune Seo, berencana untuk pulang untuk musim panas. Namun, saat keluar dari bus, ia memiliki visi tentang masa depan yang melibatkan kematian orang asing di dekatnya. Ketika mencoba untuk memperingatkan orang asing itu, ia bertemu Mikiya — yang berhasil memanfaatkan informasi Shizune secara efektif. Selanjutnya, seorang karyawan dikirim pada suatu pekerjaan dengan anak perempuan majikannya yang berusia 10 tahun di belakangnya. Namun, subjek investigasinya ternyata adalah hantu dari kedua masa lalu mereka. Mirai Fukuin menceritakan kisah-kisah yang ditetapkan selama timeline utama film Kara no Kyoukai, serta satu set di masa depan.