Sersan Keroro dan keempat bawahannya datang dari planet Keron ke Bumi untuk menaklukkan. Namun, tanpa pemberitahuan, mereka mulai menikmati kehidupan di Bumi. Keroro seharusnya tinggal dengan Hitana untuk mendapatkan kesempatan untuk menaklukkan Bumi, tetapi ia menjadi teman dengan putra Hinata, Fuyuki. Hari ini, seperti biasa, Keroro pergi untuk membeli model plastik Gundam favoritnya bersama Fuyuki. Dalam perjalanan pulang, mereka menemukan kuil kecil, dan masuk. Di sana, mereka menemukan vas bunga, dan kebetulan memecahkannya. Sejak hari berikutnya, hal-hal aneh terjadi di seluruh kota dan orang-orang panik. Di dalam vas, Kiruru, senjata pamungkas Keron kuno disegel. Saat ini, Mirara yang menyimpan rahasia Kiruru muncul dan memberi tahu mereka satu-satunya metode untuk menyelamatkan Bumi. Namun…