Katsuhira Agata adalah seorang remaja laki-laki yang pendiam dan pendiam yang rasa sakitnya telah hilang. Temannya, Chidori Takashiro, hanya bisa samar-samar mengingat hari-hari sebelum Katsuhira mengalami perubahan besar ini. Sekarang, sikapnya yang teredam dan puas membuat Katsuhira menjadi sasaran pengganggu terus-menerus, yang mengeksploitasi dia untuk sejumlah uang yang mengerikan. Tapi tinju mereka hanya berhasil membuatnya berkedip, karena bahkan emosi jauh dari genggamannya. Namun, suatu hari Katsuhira, Chidori, dan empat remaja lainnya diculik dan dipaksa untuk bergabung dengan Sistem Kizuna sebagai ‘Kiznaiver’ resmi. Mereka yang ambil bagian terhubung melalui rasa sakit: jika satu anggota terluka, yang lain akan merasakan jumlah penderitaan yang sama. Orang-orang ini harus menjadi tikus laboratorium dan kambing hitam dari sistem yang tidak lengkap yang dirancang dengan mempertimbangkan perdamaian dunia. Dengan nasib mereka yang benar-benar terjalin, orang-orang Kiznaiver harus mengekspos diri mereka yang sebenarnya satu sama lain, atau berisiko gagal lebih dari sekadar Sistem Kizuna.