Selama Era Taisho Jepang (1912-1926), seorang ilmuwan bernama Ayanokoji mengembangkan Steel Angel – humanoid buatan dengan kemampuan fisik manusia super. Sementara Tentara Kekaisaran ingin menggunakan Malaikat Baja sebagai sarana baru perang modern, Ayanokoji ingin ciptaannya menjadi langkah baru di masa depan umat manusia. Karena itu, ia menentang perintah dari Angkatan Darat dan diam-diam membuat Malaikat Baja dengan nama sandi ‘Kurumi’. Lalu suatu hari, seorang bocah lelaki bernama Nakahito Kagura menyelinap ke rumah Ayanokoji sebagai orang yang berani oleh teman-temannya dan menemukan tubuh Kurumi yang tak bernyawa. Serangan mendadak oleh Tentara Kekaisaran mengguncang rumah, menyebabkan Kurumi jatuh pada Nakahito. Pada saat itu, bibir mereka bertemu, dan Kurumi terbangun dari ‘ciuman yang memulai keajaiban’.