Berlangsung satu tahun sebelum Zentraedi tiba di Bumi, Macross Zero mencatat hari-hari terakhir perang antara Spacy dan anti-U.N. faksi. Setelah ditembak jatuh oleh pesawat tempur terbaru anti-PBB, pilot ace Shin Kudo menemukan dirinya berada di pulau terpencil Maya, di mana teknologi hampir tidak ada. Sementara Shin tinggal di pulau itu untuk menyembuhkan luka-lukanya, ketidakteraturan pulau itu dihancurkan oleh pertempuran yang melibatkan pejuang terbaru PBB – VF-0.