Nanoha Takamachi, seorang siswa kelas tiga biasa yang menikmati menghabiskan waktu bersama keluarga dan teman-temannya, menyelamatkan musang yang terluka yang dia impikan tentang malam sebelumnya. Keesokan harinya, musang berteriak padanya secara telepati, meminta Nanoha untuk menyelamatkannya. Musang itu menampakkan dirinya sebagai Yuuno Scrya, seorang penyihir dari dunia lain yang mencoba mengumpulkan 21 Jewel Seeds yang berbahaya yang tidak sengaja ia sebarkan di seluruh dunia. Dia meminta bantuan Nanoha, menghadiahkannya tongkat sihir Raising Heart, dan mengajarinya bagaimana menjadi penyihir yang kuat. Beberapa hari kemudian, setelah merebut kembali beberapa Jewel Seeds, penyihir lain muncul: Fate Testarossa. Lebih kuat dari Nanoha, Nasib menolak untuk mengungkapkan alasannya dalam mencoba untuk mengumpulkan Biji Permata. Nanoha merasakan melankolis di matanya, tetapi Takdir menolak untuk berkomunikasi. Disutradarai oleh Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha adalah cerita tentang bentrokan emosi ketika gol berbenturan.