Madoka Kaname dan Sayaka Miki adalah gadis sekolah menengah biasa dengan kehidupan biasa, tetapi semua itu berubah ketika mereka bertemu Kyuubey, seorang familiar ajaib seperti kucing, dan Homura Akemi, siswa pindahan baru. Kyubey menawarkan kepada mereka proposisi: ia akan memberikan siapa pun tawaran: ia akan memberikan siapa pun dari keinginan mereka dan sebagai gantinya, mereka masing-masing akan menjadi gadis penyihir, mendapatkan kekuatan yang cukup untuk memenuhi impian mereka. Namun, Homura Akemi, seorang gadis penyihir sendiri, mendesak mereka untuk tidak menerima tawaran itu, menyatakan bahwa semuanya tidak seperti apa yang terlihat. Kisah harapan, keputusasaan, dan persahabatan, Mahou Shoujo Madoka ★ Magica berurusan dengan kesulitan menjadi seorang magis gadis dan harga yang harus dibayar untuk membuat mimpi menjadi kenyataan.