Sepuluh tahun yang lalu, ilmuwan jahat Dr. Hell memimpin para pengikutnya yang jahat, yang dikenal sebagai Kekaisaran Bawah Tanah, dalam perjuangan untuk menghancurkan seluruh umat manusia. Terhadap kekuatan-kekuatan inilah sang pahlawan muda Kouji Kabuto bertarung, mengemudikan robot super legendaris ‘Mazinger Z.’ Kemenangan Kouji menghentikan rencana jahat Dr. Hell dan mengembalikan kedamaian ke Bumi. Sekarang Kouji telah meninggalkan kursi pilot di belakang dan menjadi ilmuwan di kanannya sendiri, mengikuti jejak ayah dan kakeknya. Namun pertemuan tak terduga jauh di bawah Mt. Fuji memicu ancaman yang bahkan lebih besar bagi umat manusia daripada sebelumnya dan mengubah nasib Kouji selamanya. Dengan nasib manusia di tangan mereka, Kouji dan Mazinger Z menghadapi pilihan antara yang baik … dan yang jahat.