Pada tahun 2314 M, dunia dalam damai. Berkat pengorbanan makhluk surgawi dan pilot mobile suit-nya, orang-orang di Bumi mengalami masa kemakmuran dan persatuan, menikmati hidup tenang yang pernah dianggap mustahil. Celestial Being, sebuah organisasi yang pernah dilukis sebagai penjahat oleh Earth Sphere Federation, sekarang ada dalam persepsi publik sebagai sekelompok pahlawan, dirayakan dalam film dan budaya. Ketika ancaman makhluk luar angkasa tiba di Bumi, mengancam stasis tenang yang baru didapat, Celestial Being springs kembali beraksi. Dipimpin oleh pilot ace Setsuna F. Seiei, Gundam Meisters dari kelompok itu bertempur melawan pasukan asing yang bermusuhan, bekerja sama dengan musuh lama untuk melindungi umat manusia dari malapetaka tertentu.