Pada tahun Universal Century 0096, tiga tahun setelah upaya gagal Char Aznable untuk memaksa migrasi manusia ke ruang angkasa, kehidupan terus berlanjut di koloni yang mengorbit Bumi. Salah satu koloni semacam itu, di Side 4, adalah rumah bagi Banagher Links, seorang anak berusia 16 tahun yang hidup tenang di antara teman-teman sekelasnya. Sydney Burne, keturunan terakhir dari keluarga tirani yang hebat, membawanya untuk mencuri kunci perangkat misterius yang dikenal sebagai ‘Kotak Laplace.’ Dikatakan bahwa Box memiliki kekuatan untuk membentuk arah alam semesta, dan Audrey melakukan perjalanan ke Side 4 dalam upaya untuk mengambilnya dari pemegang saat ini dan menjaganya dari Lengan, sisa-sisa yang tersisa dari Neo-Zeon karya Char Aznable. Dalam pencariannya, dia tersandung di Banagher dan mengubah hidupnya selamanya. Ketika Side 4 berada di bawah serangan Sleeves dan pejuangnya yang produktif Marida Cruz dan Full Frontal, Banagher mengambil alih Gundam Unicorn yang baru dibangun untuk membela teman-temannya dan melindungi nasib manusia.