Dahulu, semua manusia hidup di bawah laut. Namun, beberapa orang lebih menyukai permukaan dan meninggalkan kehidupan bawah air secara permanen. Sebagai akibatnya, mereka dilucuti dari perlindungan yang diberikan dewa mereka yang disebut ‘Ena’ yang memungkinkan mereka untuk bernapas di bawah air. Seiring waktu, keretakan antara penghuni laut dan permukaan melebar, meskipun kontak antara kedua orang masih ada. Nagi no Asu kara mengikuti kisah Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama dengan teman masa kecil mereka Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki , yang terpaksa meninggalkan laut dan bersekolah di permukaan. Di sana, kelompok ini juga bertemu dengan Tsumugu Kihara, seorang mahasiswa dan nelayan yang mencintai laut. Kehidupan Hikari dan teman-temannya pasti akan berubah karena mereka harus berurusan dengan kebencian yang mendalam dan diskriminasi antara masyarakat laut dan masyarakat. permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta prahara yang akan datang yang mungkin mengeja malapetaka bagi semua yang tinggal di permukaan.