Sementara sebagian besar anak laki-laki berusia lima belas tahun, dalam satu atau lain cara, menyimpan rahasia yang berkaitan dengan anak perempuan, Takashi Natsume memiliki rahasia aneh dan menakutkan yang melibatkan youkai: selama dia bisa ingat, dia terus-menerus dikejar oleh roh-roh ini . Natsume segera menemukan bahwa neneknya yang sudah meninggal, Reiko, telah memberikan kepadanya Yuujinchou, atau ‘Book of Friends,’ yang berisi nama-nama arwah yang dia bawa di bawah kendalinya. Sekarang dalam kepemilikan Natsume, buku itu memberi cucu Reiko kekuatan ini juga, itulah sebabnya makhluk-makhluk yang marah sekarang menghantuinya dengan harapan entah bagaimana mencapai kebebasan mereka. Tanpa orangtua dan rumah yang penuh kasih, dan terus-menerus diburu oleh youkai bermusuhan, tanpa ampun, Natsume sedang mencari pelipur lara