Anak sekolah menengah Yuu dan temannya Haru terlibat dalam kasus yang melibatkan teman masa kecilnya Kotona, yang memaksa mereka bolak-balik di antara dunia lain yang berbeda tetapi agak mirip dengan dunia mereka, Ni no Kuni. Dunia nyata dan Ni no Kuni, ketika kehidupan Kotona dalam bahaya, apa pilihan terakhir yang harus mereka bertiga lakukan di Ni no Kuni?