Dalam perang, sekelompok prajurit bernama Ninku berperang melawan Tentara Kekaisaran dan hampir memusnahkannya. Namun pada akhirnya, Ninku tersebut kalah dan hancur berkeping-keping. Setelah perang, tentara kekaisaran memantapkan diri sebagai pembela rakyat dengan bantuan propaganda. Mereka juga berhasil membuat orang-orang berpikir bahwa Ninku adalah penjahat dan telah memulai perang. Fusuke terlihat seperti anak kecil tetapi dia adalah mantan kapten divisi Ninku pertama. Ibunya diambil selama perang dan setelah Ninku dikalahkan, dia melakukan perjalanan untuk menemukannya. Dalam perjalanannya ia bertemu Aicho dan Touji, keduanya juga mantan kapten Ninku, dan bersama-sama mereka berperang melawan tentara kekaisaran yang mencoba membunuh Ninku yang tersisa. Ninku adalah klan ninja punah yang menguasai teknik esoteris dan kuat, karenanya banyak kelompok lain terus-menerus mencoba mencuri teknik mereka untuk mengambil alih negara. Target utama mereka adalah Fusuke, anak yang tampak aneh tapi salah satu ninja Ninku yang paling kuat. Fusuke, bersama dengan ninja Ninku lainnya dengan spesialisasi yang berbeda harus melawan ancaman yang menyebabkan jatuhnya klan Ninku.