Hana, seorang mahasiswa yang bekerja keras, jatuh cinta dengan seorang pria misterius yang menghadiri salah satu kelasnya meskipun ia bukan siswa yang sebenarnya. Ternyata, dia juga bukan manusia. Pada malam bulan purnama, ia berubah, mengungkapkan bahwa ia adalah manusia serigala terakhir yang masih hidup. Meskipun demikian, cinta Hana tetap kuat, dan keduanya akhirnya memutuskan untuk memulai sebuah keluarga. Hanna melahirkan dua anak yang sehat — Ame, lahir saat hujan, dan Yuki, lahir saat hujan salju — keduanya memiliki kemampuan untuk berubah menjadi serigala, suatu sifat diwarisi dari ayah mereka. Namun, terlalu cepat, kematian mendadak kekasihnya menghancurkan hidup Hana, meninggalkannya untuk membesarkan keluarga yang aneh sepenuhnya sendirian. Stres dalam membesarkan anak-anaknya yang liar di kota padat penduduk, sambil menjaga identitas mereka tetap rahasia, berpuncak pada keputusan untuk pindah ke pedesaan, di mana ia berharap Ame dan Yuki dapat hidup bebas dari penilaian masyarakat. Wolf Children adalah kisah yang mengharukan tentang tantangan menjadi seorang ibu tunggal di dunia modern yang tak kenal ampun.