Seiring perubahan musim dari musim semi ke musim panas, Makoto Yuuki tetap bersama dengan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES). Tim terus mengalahkan Shadows besar dan kecil, tetapi mereka sekarang berbentrokan dengan musuh baru: Strega, sekelompok pengguna Persona nakal yang ingin menjaga Dark Hour untuk keuntungan mereka