Saat musim gugur mendekati akhir, Chidori Yoshino, anggota Strega, menculik Junpei Iori. Sementara itu, Makoto Yuuki dan Pasukan Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus (SEES) memusnahkan Arcana Hanged Man. Segera setelah itu, seorang playboy misterius bernama Ryouji Mochizuki pindah ke Kelas 2-F. Sekolah Menengah Gekkoukan. Mungkin setelah mencapai tujuan mereka, para anggota SEES percaya bahwa mereka bebas dari pertempuran yang tanpa ampun telah mencuri kehidupan orang-orang yang mereka cintai. Namun, Tartarus dan Jam Gelap tetap ada, tidak terpengaruh oleh pemusnahan Shadow kedua belas. Terganggu oleh kegagalan nyata mereka, SEES harus mengatasi perjuangan pribadi mereka dan menemukan kepentingan siapa yang mereka perjuangkan. Seiring perjalanan Makoto dan Junpei tentang penemuan diri, identitas Ryouji dan alasan di balik kebencian Aegis terhadapnya menjadi jelas.