Mii Snowdon ditinggalkan sendirian setelah ayahnya menghilang saat menyelidiki pokemon berbentuk huruf misterius yang disebut Unown. Satu-satunya petunjuk menghilangnya ayahnya adalah sebuah kotak berisi beberapa ubin. Saat bermain dengan ubin ini, Mii membuat keinginan untuk melihat ayahnya lagi, dan keinginan ini membangkitkan Unown