40 tahun yang lalu, seorang Celebi diserang oleh Pemburu Pokemon. Untungnya, seorang bocah lelaki bernama Sammy menyelamatkan Celebi. Menggunakan kekuatan Waktu Perjalanannya, Celebi membawa dirinya dan Sammy 40 tahun ke masa depan. Di sana, Ash, Misty, dan Brock membantu Sammy ke danau penyembuhan di hutan sehingga mereka dapat menyembuhkan Celebi yang terluka. Sayangnya anggota Tim Rocket yang jahat, Viscious a.k.a. ‘The Iron Masked Marauder’, mencoba menangkap Celebi menggunakan teknologinya. Ketika Ash and Co. mencoba menjauh dari Viscious, mereka juga bertemu dengan Jessie, James, dan Meowth, yang juga ingin menangkap Celebi. Segera menjadi perlombaan melawan waktu untuk mendapatkan Celebi dan Sammy kembali ke hutan sebelum Celebi ditangkap dan digunakan untuk menghancurkan hutan dan diri mereka sendiri.