Satoshi dan teman-temannya melakukan perjalanan ke LaRousse, di mana mereka bertemu seorang bocah lelaki bernama Tooi yang takut pada Pokemon karena sebuah insiden yang terjadi empat tahun sebelumnya. Sementara itu, Deoxys, seorang Pokemon dari luar angkasa, telah muncul kembali, menempatkan penghalang di sekitar kota dan menculik orang. Rayquaza, Pokemon yang hidup di atmosfer, datang untuk memeranginya.