Satoshi dan teman-temannya tersesat di gurun yang tidak diketahui. Mereka akhirnya menemukan ‘Water Pokemon Show’ yang dilakukan oleh bintang Mariner Troupe, Hiromi. Hiromi adalah turunan dari kelompok Orang Air yang dapat berkomunikasi dengan pokemon air, dan dia memberi tahu para pahlawan kita legenda yang telah diturunkan oleh rakyatnya selama beberapa generasi. Menurut legenda, sebuah kuil yang dibangun oleh Manusia Air yang disebut ‘Kuil Air Akuusha’ terletak di suatu tempat di lautan, dan harta yang disebut ‘Mahkota Air’ tersembunyi di sana. Dikatakan bahwa tidak ada seorang pun yang pernah melihat harta ini, tetapi itu berubah ketika seorang Pokemon Ranger bernama Jack Walker (alias Jackie) muncul untuk mengejarnya. Jackie berada dalam misi rahasia yang membuatnya melindungi telur pemimpin air. pokemon, Manaphy. Pokemon ini, yang disebut ‘Pangeran Laut,’ perlu dibawa ke Kuil Air Akuusha, sehingga Satoshi-tachi dan Hiromi memutuskan untuk membantunya. Sepanjang jalan, seorang bajak laut bernama Phantom menyerang para pahlawan kita dari kapal selamnya yang hebat. Phantom berencana untuk menggunakan kekuatan Water Crown untuk membantunya menaklukkan dunia, tetapi dia harus menyelesaikan misteri telur Manaphy terlebih dahulu. Ketika Rocket-Dan masuk ke dalam campuran, Jackie menggunakan Capture Styler-nya untuk meminjam kekuatan pokemon terdekat untuk melawan mereka. Satoshi dan Pikachu memasuki pertempuran, tetapi mereka masih harus bersaing dengan serangan mecha teknologi tinggi Phantom yang kuat! Tiba-tiba, telur mulai bersinar dengan cahaya yang jelas, dan Manpahy lahir! Apa misteri harta karun legendaris? Kekuatan misterius apa yang dimiliki Manaphy? Bisakah Satoshi-tachi dan Jackie menyelesaikan misi rahasia mereka? Perjalanan untuk mencapai Kuil Air Akuusha telah dimulai!