Kazamatsuri, sebuah kota modern dan berkembang dengan baik yang terkenal dengan tumbuh-tumbuhan hijau yang subur dan budaya Jepang yang kaya, adalah rumah bagi Kotarou Tennouji, seorang siswa sekolah menengah yang paling tidak mengetahui rahasia nilai-nilai tempat itu. Puas untuk mengisi kantongnya dengan sembrono, bocah yang sombong dan usil itu menghabiskan waktunya mengganggu Haruhiko yang memproklamirkan dirinya, dan memanjakan perasaan asmara terhadap Kotori yang aneh. Dibekali dengan kemampuan manusia super untuk secara permanen menulis ulang setiap bagian tubuhnya untuk melipatgandakan kekuatan atau kecepatannya, Kotarou secara alami tertarik pada hal-hal gaib. Satu pertemuan khusus dengan anggota tunggal dan presiden Klub Penelitian Ilmu Gaib, ‘Penyihir’ Akane Senri, mengarah ke Kotarou menghidupkan kembali Klub Ilmu Gaib dengan merekrut Kotori dan tiga anggota lainnya: siswa transfer yang canggung Chihaya, perwakilan kelas ketat Lucia, dan Shizuru yang sederhana. Saat Kotarou mengungkap rahasia tersembunyi dari setiap anggota Klub Gaib melalui petualangan mereka bersama, dia pasti akan menghadapi nasib yang hanya dia yang bisa menulis ulang.