Akademi Hanzo adalah sekolah persiapan bergengsi dengan rahasia yang hanya diketahui oleh beberapa orang saja. Di balik temboknya ada kursus pelatihan untuk shinobi; mata-mata dan pembunuh terlatih yang berabad-abad lalu telah melayani para shogun untuk kebutuhan politik dan militer mereka. Hari ini, tradisi berlanjut dengan lima trainee perempuan muda dengan kepribadian yang beragam: Asuka yang bebas perawatan, Katsuragi yang sengit namun sesat, Hibari yang manis dan polos, Yagyuu yang tabah dan protektif, dan perwakilan mereka yang matang dan berkelas, Ikaruga. Senen Kagura menceritakan kisah tentang lima gadis ini dan perjalanan rahasia mereka untuk menyelesaikan pelatihan shinobi mereka. Perjalanan dengan cepat menjadi lebih rumit dari yang mereka bayangkan ketika sekelompok shinobi yang lebih gelap dan lebih menyeramkan menampakkan diri. Mereka tidak hanya tahu tentang gadis-gadis di Akademi Hanzo, tetapi mereka tampaknya sepenuhnya berniat dan mampu membuktikan diri sebagai shinobi modern, superior. Melalui mengasah keterampilan mereka, memanfaatkan kekuatan gulungan rahasia mereka untuk melakukan transformasi shinobi, dan bekerja bersama sebagai sebuah tim, Asuka dan teman-temannya harus bangkit untuk menghadapi tantangan baru ini. Bukan hanya demi pelatihan mereka, tetapi untuk semua yang diperjuangkan Akademi Hanzo.