Enam bulan telah berlalu sejak Pertempuran Britannia dan reklamasi Gallia dari penjajah Neuroi. Yoshika Miyafuji, anggota 501st Joint Fighter Wing yang terkenal, telah kembali ke rumah untuk Fuso dan lulus dari sekolah menengah. Namun, perjuangannya masih jauh dari selesai. Dia menerima surat yang diduga dikirim oleh ayahnya yang sudah lama meninggal, berisi cetak biru Unit Striker canggih yang telah dia kerjakan sebelum kematiannya. Unit, yang dirancang khusus untuk Yoshika, mungkin mampu memanfaatkan kekuatan magisnya yang luar biasa. Sementara itu, ancaman baru di Eropa meningkat. Sarang Neuroi dengan ukuran yang belum pernah terjadi sebelumnya dan mungkin telah muncul di atas Venezia, memusnahkan pasukan Penyihir lokal dan langsung menelan bagian utara negara itu. Untuk membuat keadaan menjadi lebih buruk, tipe humanoid Neuroi yang baru terlihat berusaha untuk melakukan kontak dengan manusia. Yoshika, tidak mampu meninggalkan teman-temannya di garis depan, sekali lagi harus menjelajah ke benua yang dilanda perang.