Di masa depan yang jauh, mayoritas manusia telah meninggalkan Bumi, dan Aliansi Kemanusiaan Galactic didirikan untuk memandu eksplorasi dan memastikan kemakmuran umat manusia. Namun, ancaman signifikan muncul dalam bentuk makhluk aneh yang disebut Hideauze, yang mengakibatkan perang antarbintang untuk mencegah kepunahan umat manusia. Berbekal Chamber, robot otonom, letnan 16 tahun Ledo dari Galactic Alliance bergabung dalam pertempuran melawan monster. Dalam pergantian peristiwa yang disayangkan, Ledo kehilangan kendali selama pertempuran dan diusir ke tempat yang jauh dari ruang angkasa, mendarat di Bumi yang tergenang air. Di planet biru, Gargantia