Simon dan Kamina dilahirkan dan dibesarkan di sebuah desa bawah tanah yang dalam, tersembunyi dari permukaan dongeng. Kamina adalah meriam longgar berjiwa bebas yang bertekad untuk membuat nama untuk dirinya sendiri, sementara Simon adalah anak lelaki pemalu tanpa aspirasi nyata. Suatu hari saat menggali bumi, Simon menemukan benda misterius yang ternyata menjadi kunci kontak ke artefak perang kuno, yang dijuluki duo Lagann. Menggunakan senjata baru mereka, Simon dan Kamina menangkis serangan mendadak dari permukaan dengan bantuan Yoko Littner, seorang berambut merah berdarah panas memegang senjata besar yang mengembara di dunia di atas. Setelah pertempuran, langit sekarang di pemandangan yang jelas, mendorong Simon dan Kamina untuk melakukan perjalanan bersama Yoko untuk menjelajahi dataran terlantar di permukaan. Segera, mereka bergabung dengan perang melawan ‘Beastmen,’ makhluk humanoid yang meneror sisa-sisa umat manusia dengan robot kuat yang disebut ‘Orang-orang bersenjata.’ Meskipun mereka menghadapi beberapa tantangan dan kemunduran, ketiganya dengan berani melawan musuh-musuh baru ini bersama para penyintas lainnya untuk merebut kembali permukaan, sambil perlahan mengungkap misteri seukuran galaksi.