2199 AD. Yamato mencoba untuk meninggalkan galaksi Awan Magellan Besar, setelah menerima ‘Cosmo Reverse System’ di tujuannya, Iscandar. Namun, tiba-tiba, ia bertemu dengan kelompok misterius di tepi Awan Magellan Besar. Awak mengetahui bahwa kelompok itu disebut ‘Gatlantis,’ dan bahwa pemimpinnya adalah komandan pasukan ekspedisi Gutaba yang menyebut dirinya ‘Goran Dagaamu of Thunder.’ Komandan menuntut agar Yamato diserahkan kepadanya. Yamato, yang ingin bergegas ke Bumi, lolos dari keributan. Namun, Yamato diserang oleh senjata sinar yang menghancurkan yang disebut ‘Flame Direct Attack Cannon’ yang dapat melampaui ruang angkasa. Yamato mampu mundur, tetapi akhirnya tersesat, dan menemukan dirinya dalam dimensi tidak teratur berwarna aneh. Awak memutuskan untuk mematikan mesin di kapal, dan menjelajahi planet misterius. Untuk mengumpulkan informasi, Kodai, Kiryu, Sawamura, Niimi, dan Aihara mendarat di planet ini. Apa yang mereka lihat ketika mereka tiba adalah sebuah kapal yang tidak seharusnya ada di sana .agaamu mengejar jejak lungsin Yamato, dan juga mencapai ruang berwarna aneh. Planet tempat Yamato mendarat sebenarnya adalah apa yang Dagaamu cari selama ini.