Legenda mengatakan bahwa Teka-teki Milenium yang penuh teka-teki akan mengabulkan satu harapan bagi siapa pun yang memecahkan rahasia kuno. Setelah menyelesaikannya, siswa sekolah menengah Yuugi Mutou merilis ‘Yuugi lain,’ kehadiran aneh yang terkandung di dalamnya. Sekarang, setiap kali dia dihadapkan pada dilema, alter ego yang misterius ini muncul dan membantunya dalam kesulitannya. Berharap mengungkap misteri di balik roh aneh ini, Yuugi dan teman-temannya menemukan diri mereka bersaing dengan beberapa lawan di ‘Duel Monsters,’ permainan kartu yang menantang digunakan oleh orang-orang yang ingin mencuri Puzzle Millenium dalam upaya putus asa untuk memanfaatkan kekuatan besar di dalam. Ketika pertanyaan-pertanyaan itu bertumpuk, tidak lama sebelum mereka menemukan bahwa ada lebih dari kebanggaan pada garis dalam duel ini.