Setelah memenuhi takdir mereka selama acara Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru, Pahlawan Klub Sekolah Menengah Sanshu — yang terdiri dari Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi, dan saudara kandung Fuu dan Itsuki Inubouzaki — kembali dengan ayunan penuh, membantu mereka yang membutuhkan di mana pun mereka bisa . Mereka juga mendapatkan anggota baru, pahlawan dari masa lalu bernama Sonoko Nogi. Namun akhirnya mereka memperhatikan bahwa seseorang yang seharusnya ada di antara mereka, Mimori Tougou, hilang; jejak keberadaannya benar-benar hilang, kecuali ingatan gadis-gadis itu.
Tanpa petunjuk tentang keberadaan Tougou, para gadis mendapatkan kembali kemampuan untuk mengubah dan memulai pencarian putus asa untuk teman mereka yang hilang. Tetapi apa yang mereka temukan lebih mengejutkan daripada yang pernah mereka bayangkan, dan konsekuensi dari tindakan mereka mulai mengubah kehidupan seperti yang mereka ketahui.