Setelah menyelesaikan insiden Jewel Seeds yang berserakan, Nanoha Takamachi dengan senang hati kembali ke kehidupan sehari-harinya, meskipun sekarang dengan latihan sihir tambahan di pagi hari. Sambil bertukar pesan video dengan Nasib Testarossa dan kru Arthra, Nanoha dengan sabar menunggu kesempatan untuk berbicara dengan mereka secara langsung lagi. Tapi ketika belajar di kamarnya suatu hari, Raising Heart tiba-tiba memanggil Nanoha dan memperingatkannya tentang serangan yang datang! Penyerang adalah seorang gadis muda bernama Vita, yang menyebut dirinya seorang Belka Knight. Dia membuktikan kekuatannya dengan menggunakan perangkat cerdas dengan sistem kartrid misterius untuk dengan cepat menguasai Nanoha. Untungnya, Biro Administrasi Ruang-Waktu dapat masuk sebelum dia benar-benar hancur. Vita dan rekan-rekan ksatrianya Shamal, Signum, dan Zafila sedang dalam misi untuk mencuri kekuatan magis dari penyihir untuk menyelesaikan Kitab Kegelapan, salah satu dari Logia yang Hilang. Untuk tujuan jahat apa para ksatria setelah Kitab Kegelapan ini?